生物医学研究院的公共技术平台由上海医学院整体规划建设，各个职能部门的通力协调配合之下，按照各个子平台的设备特点进行精细化管理，为医学院各单位和附属医院共享服务，为其提供强有力的技术支撑，提升整个医学院及附属医院的科研能力，已建设成高度开放共享的技术平台。
复旦大学枫林校区新增科研用房面积近10万平方米，公共技术平台在科研2号楼有专属空间。上海医学院共有单价 50 万元以上的大型仪器设备 398 台，全部实现资源共享，其中加入上海市科委公共研发平台系统的科研设备为 156台。所有共享仪器分八个子平台管理（图1），各子平台实行了模块化的精细管理，由专家委员会制订了《复旦大学上海上海医学院大型仪器设备共享管理办法》、《研究人员/研究生使用共享技术平台的管理办法》、《大型仪器技术平台人员管理办法》、《大型仪器技术平台实验室仪器设备管理办法》、《大型仪器运行成本分摊办法》等一系列管理规章制度，设有平台管理委员会，配备专业的实验技术人员18人，负责大型仪器设备运行管理、上机操作培训、对外共享服务及仪器功能开发等，为校内外用户提供 “实验设计—样品前处理—质谱检测—数据检索—生物信息学分析”一条龙的全方位技术服务。
公共技术平台已建设成高度完善的管理和共享服务体系，尤其自2018年起Smarterlab的使用实现了对试剂耗材、仪器设备、工作人员、检测项目四个方面的一体化网络化管理，不仅极大地提高了工作效率，也使实验室的管理更加规范化，同时也为PI及学生们送样提供了极大的便利，学生们可根据自己的实验需求自助下单（图2、3），并追踪订单所处状态，合理安排实验计划。
图1 公共技术平台的具体管理构架
图3用户自主下单
平台现有大型科学设施全部实现资源共享，年样品量近1.5万件。其中大型高精度仪器设备如Orbitrap Exploris 480、Bruker timsTOF Pro、Orbitrap Fusion Tribrid等生物质谱仪，年机时均超过6000小时，处于超负荷运转状态，这些仪器超过90%的机时服务于校内，包括整个医学院及附属医院，真正成为了校内外科研人员手中的利器。
支撑校内、校外科研工作的典型案例：
一、慢性阻塞性肺疾病相关蛋白的定量分析
王向东，现任复旦大学附属中山医院特聘教授，呼吸科教授，博士导师，中山医院实验中心主任，国际生物医药协会筹备委员会执行主席，中国医师协会医师与制药师交流项目主任。从事呼吸内科和呼吸危重医学，主要研究方向为多器官功能紊乱和急性肺损伤的分子发病机制和靶向性治疗，正在开展精准医疗应用，融组学、生物信息学、临床信息学为一体对疾病特异性标志物识别和验证，研发慢性肺疾病和肺癌的治疗靶标。精准医疗下的新药研发很重要的一点是针对蛋白的过度表达的肺病患者开发新药。我院的Orbitrap Fusion三合一质谱系统（图4）采用的是超高场Orbitrap质量分析器，具有超高分辨率、高灵敏度、多级质谱能力，并且配备多种裂解模式，非常适合蛋白质组学中复杂体系的高通量蛋白检测。可以对蛋白质、多肽等进行高精度、高准确度、高通量的定性及定量分析工作。该仪器可以满足药企、高校、研究所和医院的常规相关服务项目，并可以按照特定需求开发定制的实验服务。
采用慢性阻塞性肺疾病（Chronic
Obstructive Pulmoriary Disease，COPD）的患者血清和正常人血清，研究COPD在发病期血清中哪些蛋白质的表达量发生了变化，以及药物治疗后的蛋白质表达量变化，以寻找药物治疗的新靶点。复旦大学附属中山医院未配备高精度和高准确度的生物质谱，而无法开展精准的鉴定定量工作。鉴于此，我们两家单位展开了相关的合作，完成了对300例COPD患者血清中特征蛋白的精准定量分析工作。通过本研究院的Orbitrap Fusion系统准确鉴定了COPD患者血清中特征蛋白的氨基酸序列，并进行了准确定量，为后期进行生物标志物的筛选及临床研究奠定了坚实的基础。
图4 Orbitrap
Fusion三合一质谱系统
二、
结合PI和学生实际需求，充分发掘利用现有质谱开发各类小分子定量方法
复旦大学生物医学研究院雷群英课题组揭示了癌基因Kras突变驱动的BCAA-BCAT2（支链氨基酸-支链氨基酸转氨酶2）代谢轴在PDAC早期发生中的重要作用和分子机制，以及靶向抑制BCAT2或饮食中BCAA限制如何减缓PDAC的进展。
研究中涉及支链氨基酸在代谢过程中亮氨酸，缬氨酸等一系列代谢物的变化，需要利用平台的质谱仪来进行相对定量。蛋白质平台拥有新型三重四级杆质谱仪，研究方向通常为蛋白质组学，擅长于大分子高灵敏定量，而代谢物定量的软硬件配置与此有一定区别。张磊老师等根据学生需求，勇于承担责任，将2006年采购的岛津常规液相维修组装并替换了现有的纳升液相，通过查阅文献，大量预实验，确定了该代谢过程中涉及的各种代谢物和N15标记的相关代谢产物定量方案，最终完成了轻重标记的亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸等多种代谢物的代谢流定量实验，最终文章发表于Nature Cell Biology杂志。
无独有偶，在过去十年这个特殊的历史阶段，蛋白质平台因为成型较早，拥有较强的技术力量，面对Pi和学生对于代谢物定量的迫切需求，跨越研究方向，承担服务责任，围绕学生需求开发了一系列个性化分析方法。如2017年为杨芃原/申华丽课题组开发的靶向脂质组学定量方案，2009年为叶丹、石雨江等课题组开发了DNA/RNA相关修饰定量方案，为赵世民等课题组开发了三羧酸循环相关代谢物，一碳代谢，尿素循环相关代谢物定量方案。十年来服务的各种案例结果发表于Nature，Cell，Nature
Catalysis等十多篇高水平杂志，实际工作中团队不拘泥于蛋白质组学研究方向，根据学生需求灵活使用大型仪器，开发大型仪器的多种功能，走出了一条高效、简洁、实用的技术支撑道路。
Nat Cell Biol , 2020,22(2):167-174 张磊高级工程师
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图5支链氨基酸代谢产物定量结果发表于Nat Cell Biol
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（生物医学研究院供稿）